三趾心顱跳鼠體型小，體長一般不超過60毫米。尾細長，約為體長的兩倍，尾毛稀疏，尾鱗可見，尾末有稀疏束狀長毛，尾基于夏秋季變粗。后肢比前肢長，后肢為三趾，趾下有長毛形成刷狀毛墊。頭部顏色淡沙黃色，背部毛色土棕灰色或灰紅棕色，體側較淺，腹部及前后肢白色。尾部淺灰棕色，尾上部較下部顏色深，尾末端毛色灰褐色，尾端散射的長毛為白色污黃色。頭骨結構特殊，顴弓不外擴，前部寬，顴突腹面突起尖長，長度超過顴弓后部長度的一半，聽泡發(fā)達。該物種被列為IUCN 2013年瀕危物種紅色名錄中的易危物種(VU)。